O Controle Interno – C.I. integra a estrutura organizacional da Administração do TJMS como unidade administrativa legalmente criada pela Portaria-TJMS nº 15 de 20 de março de 2001, inicialmente como uma assessoria subordinada a Direção Geral. Teve sua estrutura interna alterada para Secretaria através da Portaria nº TJMS nº141/2009. Em 2011, através da Portaria TJMS nº 289, o Controle Interno passou a ser vinculado à presidência do TJMS, atendendo ao previsto na Resolução CNJ nº 86/2009, art. 2º: "O órgão de controle interno ficará diretamente vinculado à presidência do respectivo tribunal". Sua finalidade, estrutura e atribuições estão previstos na Portaria TJMS n. 606 de 22 de julho de 2014.